相對普通豆粕，發酵豆粕的優點是：1.零抗原，減少對腸胃刺激，控制營養性下痢，解決乳豬斷奶應激，提高日增 .2.蛋白質大部分已被降解為小肽。

消化率高，吸收速度快，減少因消化而消耗的能量，提高飼料報酬。3.富含活性有益菌，調理胃腸道菌種平衡，減少腸道疾病。減少養殖環境的臭氣。在水產飼料中使用有益菌進入水體可以維持水體的微生態平衡，改善，穩定水質。4.富含乳酸，生長因子，維生素。具有特殊發酵香味。營養均衡全面，適口性好。

影響發酵豆粕質量的關鍵因素是豆粕原料的好壞；菌種的選擇及配伍；生產工藝的優劣。

原料的重要性在所有產品中都是重要的，不能選擇發霉變質的原料，因發酵豆粕的生產中大原料是不滅菌的（生產菌種用原料是要滅菌的），新鮮豆粕所含雜菌極少，不滅菌也能控制好產品質量。而被污染的原料不滅菌發酵則會使結果變得更糟。菌種的選擇則關系到最終產品的特性，一般可選用的有酵母菌、芽孢桿菌、乳酸菌、曲霉菌。

酵母菌具有強大的酶系，能產生多種有益物質，人類利用酵母菌已有幾千年的歷史，在酵母菌大類中屬于病原菌的極少，安全性好。乳酸菌是作為益生菌最好的種類，但乳酸菌缺乏蛋白酶，對豆粕中大分子蛋白的降解作用有限，不過其產乳酸的能力很強。芽孢桿菌和曲霉菌含有豐富的蛋白酶，對豆粕的降解很有幫助。但缺點是在堿性環境下芽孢桿菌有可能把蛋白質變成氨，從而起到相反的作用。曲霉菌中有些種類會產生毒素，因為是在粗放的環境中生產，如果把環境調到適合好的曲霉生長，那些壞的曲霉有可能也會生長。生產工藝的制定同所選用的菌種是緊密相關的，這涉及到目標菌生長及產酶所需要的合適溫度，PH，濕度等。所有這些因素的組合決定了最終產品的質量。

有人認為，發酵豆粕并不能完全解決其抗營養因子的困擾，這可能是一種誤解，豆粕經過發酵后完全可以徹底去除抗營養因子，但這樣加工成本很高，其成本加到產品售價中用戶難以接受，而現在這種降解程度及售價是性價比最高的。同時很多用戶并不是全部使用發酵豆粕，而是使用一部分發酵豆粕，一部分普通豆粕，從而導致不能完全解決抗營養因子的感覺，再者，可能有人使用的產品質量不過關。

目前，市場上有各類發酵豆粕，判斷其質量好壞主要從以下幾個方面考慮：一是顏色氣味，各廠家可能不一樣，這主要決定于其所選用的菌種及發酵工藝，但同一廠家基本是穩定的，應該聞不到生豆粕的氣味；二是各項營養指標包括粗蛋白、粗纖維、粗灰分等，粗蛋白應該大于豆粕；粗纖維、粗灰分同豆粕差不多。三是其他指標如：小肽、脲酶、大分子蛋白。小肽含量高的好，而脲酶則含量越低越好，大分子蛋白降解的徹底的好。